let alignment
    ?ref_seqs ?qname ~flags ?rname ?pos ?mapq ?(cigar=[])
    ?rnext ?pnext ?tlen ?seq ?(qual=[])
    ?(optional_fields=[])
    ()
    =
  [
    (match ref_seqs, rname with
    | (None,_) | (_,None) -> None
    | Some ref_seqs, Some rname ->
      if Set.mem ref_seqs rname then
        None
      else
        Some (
          Error.create
            "RNAME not defined in any SQ line"
            rname sexp_of_string
        )
    );

    (match ref_seqs, rnext with
    | (None,_) | (_,None) -> None
    | Some _, Some `Equal_to_RNAME ->
      None (* error will already be detected in RNAME check above *)
    | Some ref_seqs, Some (`Value rnext) ->
      if Set.mem ref_seqs rnext then
        None
      else
        Some (
          Error.create
            "RNEXT not defined in any SQ line"
            rnext sexp_of_string
        )
    );

    (match seq, qual with
    | _, [] -> None
    | None, _ ->
      Some (Error.of_string "QUAL provided without SEQ")
    | Some seq, _ ->
      let s = String.length seq in
      let q = List.length qual in
      if s = q then
        None
      else
        Some (Error.create
                "SEQ and QUAL lengths differ"
                (s, q) <:sexp_of< int * int >>
        )
    );

    (
      List.map optional_fields ~f:(fun x -> x.tag)
      |> List.find_a_dup
      |> Option.map ~f:(fun dup ->
        Error.create "TAG occurs more than once" dup sexp_of_string)
    );
  ]
  |> List.filter_map ~f:Fn.id
  |> function
    | [] -> Ok {
      qname; flags; rname; pos; mapq; cigar;
      rnext; pnext; tlen; seq; qual; optional_fields
    }
    | errs -> Error (Error.of_list errs)