alignment = {
  qname : string option;
  flags : Flags.t;
  rname : string option;
  pos : int option;
  mapq : int option;
  cigar : cigar_op list;
  rnext : rnext option;
  pnext : int option;
  tlen : int option;
  seq: string option;
  qual: Biocaml_phred_score.t list;
  optional_fields : optional_field list;
}