sig
  type count_matrix = int array array
  type background = private float array
  val flat_background : unit -> Biocaml_pwm.background
  val background_of_sequence : string -> float -> Biocaml_pwm.background
  type t = private float array array
  val make :
    Biocaml_pwm.count_matrix -> Biocaml_pwm.background -> Biocaml_pwm.t
  val tandem :
    ?orientation:[ `direct | `everted | `inverted ] ->
    spacer:int ->
    Biocaml_pwm.count_matrix ->
    Biocaml_pwm.count_matrix -> Biocaml_pwm.background -> Biocaml_pwm.t
  val reverse_complement : Biocaml_pwm.t -> Biocaml_pwm.t
  val scan : Biocaml_pwm.t -> string -> float -> (int * float) list
  val fast_scan : Biocaml_pwm.t -> string -> float -> (int * float) list
  val best_hit : Biocaml_pwm.t -> string -> int * float
end