let trim (specification: [`beginning of int|`ending of int]) =
    let items =  Queue.create () in
    let name =
      sprintf "(fastq_trimmer %s)"
        (match specification with
        | `beginning i -> sprintf "B:%d" i
        | `ending i -> sprintf "E:%d" i) in
    Biocaml_transform.make ~name ()
      ~feed:(fun r -> Queue.enqueue items r)
      ~next:(fun stopped ->
        begin match Queue.dequeue items with
        | Some r ->
          let rlgth = String.length r.sequence in
          begin match specification with
          | `beginning i when i < rlgth ->
            output_ok
              { r with sequence = String.sub r.sequence ~pos:i ~len:(rlgth - i);
                qualities = String.sub r.qualities ~pos:i ~len:(rlgth - i) }
          | `ending i when i < rlgth ->
            output_ok
              { r with sequence = String.sub r.sequence ~pos:0 ~len:(rlgth - i);
                qualities = String.sub r.qualities ~pos:0 ~len:(rlgth - i) }
          | _ ->
            output_error (`invalid_size rlgth)
          end
        | None -> if stopped then `end_of_stream else `not_ready
        end)