sig
  type raw_alignment =
    Biocaml_bam.raw_alignment = {
    qname : string;
    flag : int;
    ref_id : int;
    pos : int;
    mapq : int;
    bin : int;
    cigar : string;
    next_ref_id : int;
    pnext : int;
    tlen : int;
    seq : string;
    qual : int array;
    optional : string;
  }
  type raw_item =
      [ `alignment of raw_alignment
      | `header of string
      | `reference_information of (string * int) array ]
  module Transform :
    sig
      type raw_bam_error =
          [ `read_name_not_null_terminated of string
          | `reference_information_name_not_null_terminated of string
          | `reference_information_overflow of int * string
          | `wrong_int32 of string
          | `wrong_magic_number of string ]
      val string_to_raw :
        ?zlib_buffer_size:int ->
        unit ->
        (string,
         (raw_item,
          [> `bam of raw_bam_error
           | `unzip of Biocaml_zip.Transform.unzip_error ])
         Core.Result.t)
        Biocaml_transform.t
      type parse_optional_error =
          [ `wrong_auxiliary_data of
              [ `array_size of int
              | `null_terminated_hexarray
              | `null_terminated_string
              | `out_of_bounds
              | `unknown_type of char
              | `wrong_int32 of string ] * string ]
      val parse_optional :
        ?pos:int ->
        ?len:int ->
        string ->
        (Biocaml_sam.optional_content, parse_optional_error) Core.Result.t
      type parse_cigar_error =
          [ `wrong_cigar of string | `wrong_cigar_length of int ]
      val parse_cigar :
        ?pos:int ->
        ?len:int ->
        string ->
        (Biocaml_sam.cigar_op array, parse_cigar_error) Core.Result.t
      type raw_to_item_error =
          [ `header_line_not_first of int
          | `header_line_without_version of (string * string) list
          | `header_line_wrong_sorting of string
          | `invalid_header_tag of int * string
          | `invalid_tag_value_list of int * string list
          | `reference_sequence_not_found of raw_alignment
          | `wrong_auxiliary_data of
              [ `array_size of int
              | `null_terminated_hexarray
              | `null_terminated_string
              | `out_of_bounds
              | `unknown_type of char
              | `wrong_int32 of string ] * string
          | `wrong_cigar of string
          | `wrong_cigar_length of int
          | `wrong_flag of raw_alignment
          | `wrong_mapq of raw_alignment
          | `wrong_pnext of raw_alignment
          | `wrong_pos of raw_alignment
          | `wrong_qname of raw_alignment
          | `wrong_tlen of raw_alignment ]
      val raw_to_item :
        unit ->
        (raw_item, (Biocaml_sam.item, [> raw_to_item_error ]) Core.Result.t)
        Biocaml_transform.t
      type item_to_raw_error =
          [ `cannot_get_sequence of Biocaml_sam.alignment
          | `header_line_not_first of string
          | `reference_name_not_found of Biocaml_sam.alignment * string ]
      val item_to_raw :
        unit ->
        (Biocaml_sam.item, (raw_item, item_to_raw_error) Core.Result.t)
        Biocaml_transform.t
      val raw_to_string :
        ?zlib_buffer_size:int ->
        unit -> (raw_item, string) Biocaml_transform.t
      val raw_bam_error_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_bam_error
      val raw_bam_error_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> raw_bam_error
      val sexp_of_raw_bam_error : raw_bam_error -> Sexplib.Sexp.t
      val parse_optional_error_of_sexp :
        Sexplib.Sexp.t -> parse_optional_error
      val parse_optional_error_of_sexp__ :
        Sexplib.Sexp.t -> parse_optional_error
      val sexp_of_parse_optional_error :
        parse_optional_error -> Sexplib.Sexp.t
      val parse_cigar_error_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> parse_cigar_error
      val parse_cigar_error_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> parse_cigar_error
      val sexp_of_parse_cigar_error : parse_cigar_error -> Sexplib.Sexp.t
      val raw_to_item_error_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_to_item_error
      val raw_to_item_error_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> raw_to_item_error
      val sexp_of_raw_to_item_error : raw_to_item_error -> Sexplib.Sexp.t
      val item_to_raw_error_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> item_to_raw_error
      val item_to_raw_error_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> item_to_raw_error
      val sexp_of_item_to_raw_error : item_to_raw_error -> Sexplib.Sexp.t
    end
  val raw_alignment_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_alignment
  val sexp_of_raw_alignment : raw_alignment -> Sexplib.Sexp.t
  val raw_item_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_item
  val raw_item_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> raw_item
  val sexp_of_raw_item : raw_item -> Sexplib.Sexp.t
end