sig
  type raw_alignment =
    Biocaml_sam.raw_alignment = {
    qname : string;
    flag : int;
    rname : string;
    pos : int;
    mapq : int;
    cigar : string;
    rnext : string;
    pnext : int;
    tlen : int;
    seq : string;
    qual : string;
    optional : (string * char * string) list;
  }
  type raw_item =
      [ `alignment of raw_alignment
      | `comment of string
      | `header of string * (string * string) list ]
  type reference_sequence =
    Biocaml_sam.reference_sequence = {
    ref_name : string;
    ref_length : int;
    ref_assembly_identifier : string option;
    ref_checksum : string option;
    ref_species : string option;
    ref_uri : string option;
    ref_unknown : (string * string) list;
  }
  val reference_sequence :
    ?assembly_identifier:string ->
    ?checksum:string ->
    ?species:string ->
    ?uri:string ->
    ?unknown_data:(string * string) list ->
    string -> int -> reference_sequence
  module Flags :
    sig
      type t = Biocaml_sam.Flags.t
      val of_int : int -> t
      val has_multiple_segments : t -> bool
      val each_segment_properly_aligned : t -> bool
      val segment_unmapped : t -> bool
      val next_segment_unmapped : t -> bool
      val seq_is_reverse_complemented : t -> bool
      val next_seq_is_reverse_complemented : t -> bool
      val first_segment : t -> bool
      val last_segment : t -> bool
      val secondary_alignment : t -> bool
      val not_passing_quality_controls : t -> bool
      val pcr_or_optical_duplicate : t -> bool
      val t_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> t
      val sexp_of_t : t -> Sexplib.Sexp.t
    end
  type cigar_op =
      [ `D of int
      | `Eq of int
      | `H of int
      | `I of int
      | `M of int
      | `N of int
      | `P of int
      | `S of int
      | `X of int ]
  type optional_content_value =
      [ `array of char * optional_content_value array
      | `char of char
      | `float of float
      | `int of int
      | `string of string ]
  type optional_content = (string * char * optional_content_value) list
  type alignment =
    Biocaml_sam.alignment = {
    query_template_name : string;
    flags : Flags.t;
    reference_sequence :
      [ `name of string | `none | `reference_sequence of reference_sequence ];
    position : int option;
    mapping_quality : int option;
    cigar_operations : cigar_op array;
    next_reference_sequence :
      [ `name of string
      | `none
      | `qname
      | `reference_sequence of reference_sequence ];
    next_position : int option;
    template_length : int option;
    sequence : [ `none | `reference | `string of string ];
    quality : Biocaml_phred_score.t array;
    optional_content : optional_content;
  }
  type item =
      [ `alignment of alignment
      | `comment of string
      | `header of string * (string * string) list
      | `header_line of
          string * [ `coordinate | `queryname | `unknown | `unsorted ] *
          (string * string) list
      | `reference_sequence_dictionary of reference_sequence array ]
  module Error :
    sig
      type optional_content_parsing =
          [ `wrong_optional of
              (string * char * string) list *
              [ `not_a_char of string
              | `not_a_float of string
              | `not_an_int of string
              | `unknown_type of char
              | `wrong_array of
                  [ `not_a_char of string
                  | `not_a_float of string
                  | `not_an_int of string
                  | `unknown_type of char
                  | `wrong_type of string ]
              | `wrong_type of string ] ]
      type string_to_raw =
          [ `incomplete_input of Biocaml_pos.t * string list * string option
          | `invalid_header_tag of Biocaml_pos.t * string
          | `invalid_tag_value_list of Biocaml_pos.t * string list
          | `not_an_int of Biocaml_pos.t * string * string
          | `wrong_alignment of Biocaml_pos.t * string
          | `wrong_optional_field of Biocaml_pos.t * string ]
      type raw_to_item =
          [ `comment_after_end_of_header of int * string
          | `duplicate_in_reference_sequence_dictionary of
              reference_sequence array
          | `header_after_end_of_header of
              int * (string * (string * string) list)
          | `header_line_not_first of int
          | `header_line_without_version of (string * string) list
          | `header_line_wrong_sorting of string
          | `missing_ref_sequence_length of (string * string) list
          | `missing_ref_sequence_name of (string * string) list
          | `wrong_cigar_text of string
          | `wrong_flag of raw_alignment
          | `wrong_mapq of raw_alignment
          | `wrong_optional of
              (string * char * string) list *
              [ `not_a_char of string
              | `not_a_float of string
              | `not_an_int of string
              | `unknown_type of char
              | `wrong_array of
                  [ `not_a_char of string
                  | `not_a_float of string
                  | `not_an_int of string
                  | `unknown_type of char
                  | `wrong_type of string ]
              | `wrong_type of string ]
          | `wrong_phred_scores of raw_alignment
          | `wrong_pnext of raw_alignment
          | `wrong_pos of raw_alignment
          | `wrong_qname of raw_alignment
          | `wrong_ref_sequence_length of (string * string) list
          | `wrong_tlen of raw_alignment ]
      type item_to_raw = [ `wrong_phred_scores of alignment ]
      type parse =
          [ `comment_after_end_of_header of int * string
          | `duplicate_in_reference_sequence_dictionary of
              reference_sequence array
          | `header_after_end_of_header of
              int * (string * (string * string) list)
          | `header_line_not_first of int
          | `header_line_without_version of (string * string) list
          | `header_line_wrong_sorting of string
          | `incomplete_input of Biocaml_pos.t * string list * string option
          | `invalid_header_tag of Biocaml_pos.t * string
          | `invalid_tag_value_list of Biocaml_pos.t * string list
          | `missing_ref_sequence_length of (string * string) list
          | `missing_ref_sequence_name of (string * string) list
          | `not_an_int of Biocaml_pos.t * string * string
          | `wrong_alignment of Biocaml_pos.t * string
          | `wrong_cigar_text of string
          | `wrong_flag of raw_alignment
          | `wrong_mapq of raw_alignment
          | `wrong_optional of
              (string * char * string) list *
              [ `not_a_char of string
              | `not_a_float of string
              | `not_an_int of string
              | `unknown_type of char
              | `wrong_array of
                  [ `not_a_char of string
                  | `not_a_float of string
                  | `not_an_int of string
                  | `unknown_type of char
                  | `wrong_type of string ]
              | `wrong_type of string ]
          | `wrong_optional_field of Biocaml_pos.t * string
          | `wrong_phred_scores of raw_alignment
          | `wrong_pnext of raw_alignment
          | `wrong_pos of raw_alignment
          | `wrong_qname of raw_alignment
          | `wrong_ref_sequence_length of (string * string) list
          | `wrong_tlen of raw_alignment ]
      val optional_content_parsing_of_sexp :
        Sexplib.Sexp.t -> optional_content_parsing
      val optional_content_parsing_of_sexp__ :
        Sexplib.Sexp.t -> optional_content_parsing
      val sexp_of_optional_content_parsing :
        optional_content_parsing -> Sexplib.Sexp.t
      val string_to_raw_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> string_to_raw
      val string_to_raw_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> string_to_raw
      val sexp_of_string_to_raw : string_to_raw -> Sexplib.Sexp.t
      val raw_to_item_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_to_item
      val raw_to_item_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> raw_to_item
      val sexp_of_raw_to_item : raw_to_item -> Sexplib.Sexp.t
      val item_to_raw_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> item_to_raw
      val item_to_raw_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> item_to_raw
      val sexp_of_item_to_raw : item_to_raw -> Sexplib.Sexp.t
      val parse_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> parse
      val parse_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> parse
      val sexp_of_parse : parse -> Sexplib.Sexp.t
    end
  val in_channel_to_item_stream :
    ?buffer_size:int ->
    ?filename:string ->
    in_channel -> (item, Error.parse) Core.Result.t Stream.t
  module Low_level_parsing :
    sig
      val parse_cigar_text :
        string ->
        (cigar_op array, [> `wrong_cigar_text of string ]) Core.Result.t
      val parse_optional_content :
        (string * char * string) list ->
        (optional_content, Error.optional_content_parsing) Core.Result.t
      val parse_header_line :
        'a ->
        string ->
        ([> `comment of string | `header of string * (string * string) list ],
         [> `invalid_header_tag of 'a * string
          | `invalid_tag_value_list of 'a * string list ])
        Core.Result.t
      val expand_header_line :
        (string * string) list ->
        ([> `header_line of
              string * [ `coordinate | `queryname | `unknown | `unsorted ] *
              (string * string) list ],
         [> `header_line_without_version of (string * string) list
          | `header_line_wrong_sorting of string ])
        Core.Result.t
    end
  module Transform :
    sig
      val string_to_raw :
        ?filename:string ->
        unit ->
        (string, (raw_item, [> Error.string_to_raw ]) Core.Result.t)
        Biocaml_transform.t
      val raw_to_string : unit -> (raw_item, string) Biocaml_transform.t
      val raw_to_item :
        unit ->
        (raw_item, (item, [> Error.raw_to_item ]) Core.Result.t)
        Biocaml_transform.t
      val item_to_raw :
        unit ->
        (item, (raw_item, Error.item_to_raw) Core.Result.t)
        Biocaml_transform.t
    end
  val raw_alignment_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_alignment
  val sexp_of_raw_alignment : raw_alignment -> Sexplib.Sexp.t
  val raw_item_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_item
  val raw_item_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> raw_item
  val sexp_of_raw_item : raw_item -> Sexplib.Sexp.t
  val reference_sequence_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> reference_sequence
  val sexp_of_reference_sequence : reference_sequence -> Sexplib.Sexp.t
  val cigar_op_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> cigar_op
  val cigar_op_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> cigar_op
  val sexp_of_cigar_op : cigar_op -> Sexplib.Sexp.t
  val optional_content_value_of_sexp :
    Sexplib.Sexp.t -> optional_content_value
  val optional_content_value_of_sexp__ :
    Sexplib.Sexp.t -> optional_content_value
  val sexp_of_optional_content_value :
    optional_content_value -> Sexplib.Sexp.t
  val optional_content_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> optional_content
  val sexp_of_optional_content : optional_content -> Sexplib.Sexp.t
  val alignment_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> alignment
  val sexp_of_alignment : alignment -> Sexplib.Sexp.t
  val item_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> item
  val item_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> item
  val sexp_of_item : item -> Sexplib.Sexp.t
end