raw_alignment = {
  qname : string;
  flag : int;
  ref_id: int;
  (* rname : string; *)
  pos : int;
  mapq : int;
  bin: int;
  cigar : string;
  next_ref_id : int;
  pnext : int;
  tlen : int;
  seq : string;
  qual : int array;
  optional : string;
}