sig
  type vcf_id = string
  type vcf_description = string
  type vcf_number =
    Biocaml_vcf.vcf_number =
      Number of int
    | OnePerAllele
    | OnePerGenotype
    | Unknown
  type vcf_format_type =
      [ `character_value | `float_value | `integer_value | `string_value ]
  type vcf_info_type =
      [ `character_value
      | `flag_value
      | `float_value
      | `integer_value
      | `string_value ]
  type vcf_info_meta =
    Biocaml_vcf.vcf_info_meta =
      Info of vcf_number * vcf_info_type * vcf_description
  type vcf_filter_meta =
    Biocaml_vcf.vcf_filter_meta =
      Filter of vcf_description
  type vcf_format_meta =
    Biocaml_vcf.vcf_format_meta =
      Format of vcf_number * vcf_format_type * vcf_description
  type vcf_alt_meta = Biocaml_vcf.vcf_alt_meta = Alt of vcf_description
  type vcf_meta =
    Biocaml_vcf.vcf_meta = {
    vcfm_version : string;
    vcfm_id_cache : vcf_id Biocaml_internal_pervasives.Set.Poly.t;
    vcfm_info : (vcf_id, vcf_info_meta) Biocaml_internal_pervasives.Hashtbl.t;
    vcfm_filters : (vcf_id * vcf_filter_meta) list;
    vcfm_format :
      (vcf_id, vcf_format_meta) Biocaml_internal_pervasives.Hashtbl.t;
    vcfm_alt : (string, vcf_alt_meta) Biocaml_internal_pervasives.Hashtbl.t;
    vcfm_arbitrary : (string, string) Biocaml_internal_pervasives.Hashtbl.t;
    vcfm_header : string list;
    vcfm_samples : string list;
  }
  type vcf_format =
      [ `character of char
      | `float of float
      | `integer of int
      | `missing
      | `string of string ]
  type vcf_info =
      [ `character of char
      | `flag of string
      | `float of float
      | `integer of int
      | `missing
      | `string of string ]
  type vcf_row =
    Biocaml_vcf.vcf_row = {
    vcfr_chrom : string;
    vcfr_pos : int;
    vcfr_ids : string list;
    vcfr_ref : string;
    vcfr_alts : string list;
    vcfr_qual : float option;
    vcfr_filter : vcf_id list;
    vcfr_info : (vcf_id, vcf_info list) Biocaml_internal_pervasives.Hashtbl.t;
    vcfr_samples :
      (vcf_id, (vcf_id * vcf_format list) list)
      Biocaml_internal_pervasives.Hashtbl.t;
  }
  type item = vcf_row
  module Pos :
    sig
      type t =
        Biocaml_vcf.Pos.t = private {
        file : string option;
        line : int option;
        col : int option;
      }
      exception Bad of string
      exception Undefined
      val make : ?file:string -> ?line:int -> ?col:int -> unit -> t
      val f : string -> t
      val l : int -> t
      val fl : string -> int -> t
      val lc : int -> int -> t
      val flc : string -> int -> int -> t
      val unknown : t
      val file_exn : t -> string
      val line_exn : t -> int
      val col_exn : t -> int
      val set_file : t -> string -> t
      val set_line : t -> int -> t
      val set_col : t -> int -> t
      val incrl : t -> int -> t
      val to_string : t -> string
      val t_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> t
      val sexp_of_t : t -> Sexplib.Sexp.t
    end
  type vcf_parse_row_error =
      [ `duplicate_ids of vcf_id list
      | `format_type_coersion_failure of vcf_format_type * string
      | `info_type_coersion_failure of vcf_info_type * string
      | `invalid_arguments_length of vcf_id * int * int
      | `invalid_dna of string
      | `invalid_float of string
      | `invalid_int of string
      | `invalid_row_length of int * int
      | `malformed_sample of string
      | `unknown_alt of string
      | `unknown_filter of vcf_id
      | `unknown_format of vcf_id
      | `unknown_info of vcf_id ]
  type vcf_parse_error =
      [ `incomplete_input of Pos.t * string list * string option
      | `malformed_header of Pos.t * string
      | `malformed_meta of Pos.t * string
      | `malformed_row of Pos.t * vcf_parse_row_error * string
      | `not_ready ]
  val parse_error_to_string : vcf_parse_error -> string
  module Transform :
    sig
      val string_to_item :
        ?filename:string ->
        unit ->
        (string, (item, vcf_parse_error) Core.Result.t) Biocaml_transform.t
    end
end