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Module Biocaml.Bam (.ml)

module Bam: Biocaml_bam
type raw_alignment = {
   qname :string;
   flag :int;
   ref_id :int;
   pos :int; (*0-based, -1 if undefined*)
   mapq :int;
   bin :int;
   cigar :string;
   next_ref_id :int;
   pnext :int;
   tlen :int;
   seq :string;
   qual :int array;
   optional :string;
} 
type raw_item = [ `alignment of raw_alignment
       | `header of string
       | `reference_information of (string * int) array ] 
module Transform: sig .. end
val raw_alignment_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_alignment
val sexp_of_raw_alignment : raw_alignment -> Sexplib.Sexp.t
val raw_item_of_sexp : Sexplib.Sexp.t -> raw_item
val raw_item_of_sexp__ : Sexplib.Sexp.t -> raw_item
val sexp_of_raw_item : raw_item -> Sexplib.Sexp.t